1875. gadā izveido pirmo sēklu kontroles staciju.

1913. gadā Priekuļos nodibina Baltijas kultūraugu kaitēkļu un slimību apkarošanas staciju.

1930. gadā ievieš obligāto sēklu kontroli visām tirdzniecības firmām.

1930. gadā izveido Valsts augu aizsardzības centru.

1931. gadā Saeimā pieņem Augu aizsardzības likumu.

1937. gadā apstiprina dokumentu ”Lietošanai ieteicamie augu aizsardzības līdzekļi".

1944. gadā nodibina Latvijas PSR Zemkopības Tautas komisariāta Centrālo sēklu kontroles laboratoriju, 1945. gadā to apvieno ar Augu karantīnas valsts inspekciju.

1945. gadā  izveido Valsts graudaugu šķirņu salīdzināšanas inspektūru.

1946. gadā izveido Latvijas PSR Valsts Augu karantīnas inspekciju.

1947. gadā izveido Latvijas Republikānisko sēklu kontroles laboratoriju.

1958. gadā izveido specializētas augu slimību un kaitēkļu apkarošanas grupas.

1961. gada 12. maijā Latvijas Lauksaimniecības ministra vietnieks Samoļevskis paraksta pavēli Nr. 200  "Par Republikāniskās augu aizsardzības stacijas organizēšanu" . Stacija vienlaicīgi pilda ministrijas Augu aizsardzības pārvaldes funkcijas. Republikāniskās augu aizsardzības stacijas pakļautībā strādā Augu kaitēkļu un slimību uzskaites un prognožu sektors ar saviem novērošanas punktiem.

1967. gadā Augu karantīnas inspekciju pārdēvē par Augu karantīnas robežinspekciju. 

1975. gadā Republikānisko kaitēkļu un slimību parādīšanās un izplatīšanās uzskaites un prognožu sektoru pārdēvē par Republikānisko lauksaimniecības augu kaitēkļu un slimību prognožu un diagnostikas laboratoriju.

1977. gadā Republikāniskās augu aizsardzības stacijas sastāvā nodibina Biolaboratoriju un Helmintoloģijas laboratoriju. 1977. gada beigās Republikāniskajai augu aizsardzības stacijai iedala telpas Rīgā, Maskavas ielā 68. 1975. - 1988. gadā Republikānisko augu aizsardzības staciju vada Mintauts Bāliņš.

1987. gadā Latvijas Lauksaimniecības kultūraugu šķirņu salīdzināšanas valsts inspektūru pārdēvē par Latvijas Valsts augu šķirņu salīdzināšanas centru.

1988. gadā likvidē Republikānisko augu aizsardzības staciju, iekļaujot to ZRA "Ražība" kā nodaļu. 1988. gada 1. jūnijā par Augu aizsardzības nodaļas vadītāju ieceļ Gati Galviņu. 1989. gadā nodaļas vadība pārceļas uz Lauksaimniecības ministriju Rīgā, Republikas laukumā 2.

1990. gadā uz Republikāniskās zinātniskās ražošanas apvienības "Ražība" Augu aizsardzības nodaļas bāzes izveido Valsts augu aizsardzības staciju. Par stacijas direktoru ieceļ Gati Galviņu.

1991. gadā Valsts augu aizsardzības stacijas sastāvā iekļauj Augu kaitēkļu un slimību prognožu un diagnostikas laboratoriju. 1991. gadā Latvijas Augu karantīnas robežinspekciju pievieno Valsts augu aizsardzības stacijai kā Augu karantīnas nodaļu.

1993. gadā Latvija iestājas Eiropas un Vidusjūras augu aizsardzības organizācijā.

1994. gadā pieņem Augu aizsardzības likumu.

1995. gadā izveido Augu aizsardzības līdzekļu tirdzniecības un lietošanas kontroles grupu.

1996. gadā uzsāk darbu pie Nacionālās Sēklu kontroles laboratorijas izveidošanas.

1997. gadā izveido Sanitāro Robežinspekciju.

1997. gadā likvidē Valsts Rīgas augu šķirņu salīdzināšanas staciju un Valsts Valmieras augu šķirņu salīdzināšanas staciju. 1998. gadā likvidē Valsts Bauskas augu šķirņu salīdzināšanas staciju. 1999. gadā. likvidē Valsts Cēsu augu šķirņu salīdzināšanas staciju un Rīgas dārzeņu iecirkni.

1999./2000. gadā reorganizācijas rezultātā Sēklu valsts inspekciju pārveido par Sēklu kontroles departamentu un pievieno Valsts augu aizsardzības dienestam.

2000. gadā izveido Augu aizsardzības līdzekļu tirdzniecības un lietošanas kontroles daļu.

2000. gadā izveidoto Valsts augu aizsardzības dienesta prognožu un diagnostikas laboratoriju pārveido par Augu kaitēkļu un slimību prognožu daļu, izveidojot septiņas reģionālās nodaļas.

2000. gada 1.janvārī Latvijas Valsts šķirņu salīdzināšanas centru pievieno Valsts augu aizsardzības dienestam. 2000. gadā Valsts augu aizsardzības dienestu sāk vadīt Ringolds Arnītis.

2001. gadā pieņem Mēslošanas līdzekļu aprites likumu. Ar šo likumu Valsts augu aizsardzības dienestam tika deleģēta virkne funkciju un tiesību ML aprites jomā. 2001. gadāa likvidē Valsts Jelgavas augu šķirņu salīdzināšanas staciju un Valsts Daugavpils augu šķirņu salīdzināšanas staciju.

2001. gadā izveido Augu karantīnas departamentu.

2005. gadā Valsts Saldus augu šķirņu salīdzināšanas staciju pievieno Augu aizsardzības dienestam.

2007. gadā pabeidz laboratoriju korpusa rekonstrukciju Lielvārdes ielā 36/38.

2008. gadā Augu šķirņu salīdzināšanas departamentu pievieno Sēklu kontroles departamentam.

2010. gadā Valsts augu aizsardzības dienests pārņem "Agroķīmisko pētījumu centra" funkcijas.

No 2011. gada Valsts augu aizsardzības dienestu vada Kristīne Lifānova.